El Museo Laberinto conserva la estructura de una típica hacienda potosina, donde las salas alrededor de un patio central dan vida a este concepto.

Partiendo de un patio central donde se ubica la torre del Observatorio, podemos ubicar a su alrededor las distintas salas temáticas, tales como: Entre Redes y Conexiones, Desde el Espacio, En la Naturaleza, Hacia lo Imperceptible, Tras los Colores; sin olvidar la zona Por el Desierto, Laberintos Sonoros, Foro al Aire Libre, Sala de Exposiciones Temporales, Salón Mandarina, Sala 3D y la Sala de Usos Múltiples, de tal manera que es un espacio muy diverso.